Mais uma vez somos convidados a integrar uma das duas forças disponíveis neste jogo: GDI ou NOD. Se os GDI se podem considerar como uma espécie de bonzinhos, já os NOD são "maus como as cobras". Uma vez que a história é muito antiga, não vou perder muito tempo com esta, pois já todos vocês devem de saber a história de C&C de trás para frente, isto porque a maioria que jogou C&C também deve de ter jogado "C&C - Red Alert", sendo só de destacar que desta vez o conflito se passa uns anos depois do primeiro C&C.